Η διαταραχή του μεταβολισμού της ινσουλίνης είναι ένα συνηθισμένο χαρακτηριστικό του Συνδρόμου των Πολυκυστικών Ωοθηκών με σημαντικότατο ρόλο τόσο στη δημιουργία του συνδρόμου, όσο και στις μακροπρόθεσμες επιπτώσεις του.

Έχει άμεση σχέση με την αυξημένη παραγωγή ανδρογόνων από τις ωοθήκες και την παχυσαρκία. Επίσης, συμμετέχει και στις μορφολογικές αλλοιώσεις της ωοθήκης.

Η διαταραχή του μεταβολισμού στηρίζεται στο γεγονός ότι τα κύτταρα, προκειμένου να απορροφήσουν το σάκχαρο που κυκλοφορεί στο αίμα, χρειάζονται όλο και μεγαλύτερες ποσότητες ινσουλίνης. Έτσι, αυξάνεται η παραγωγή της ινσουλίνης στον οργανισμό. Όταν ξεπεραστεί αυτό το επίπεδο της φυσιολογικής παραγωγής, τότε μιλάμε για υπερινσουλιναιμία (δηλαδή κυκλοφορία αυξημένων ποσοτήτων ινσουλίνης στο αίμα) και έχουμε όλες τις δυσάρεστες συνέπειες που έχουν προαναφερθεί. Επίσης, όταν η ινσουλίνη φτάσει σε ένα επίπεδο στο οποίο αδυνατεί να βοηθήσει στην είσοδο του σακχάρου μέσα στα κύτταρα, τότε έχουμε αυξημένο σάκχαρο να παραμένει στην κυκλοφορία του αίματος, άρα έχουμε την εκδήλωση σακχαρώδους διαβήτη.

Η αυξημένη ινσουλίνη έχει ως αποτέλεσμα και τη διέγερση των ωοθηκών. Έτσι, παράγουν ακόμη μεγαλύτερες ποσότητες ορμονών και μαζί με αυτά πολύ περισσότερα ανδρογόνα (ανδρικές ορμόνες). Για το λόγο αυτό, έχουμε και την εμφάνιση των συμπτωμάτων του συνδρόμου.

Η διαταραχή στο μεταβολισμό της γλυκόζης φαίνεται ότι είναι πιθανά γενετικής αιτιολογίας και βασίζεται σε κάποια γονίδια τα οποία έχουν παθολογική μορφή στις ασθενείς με πολυκυστικές ωοθήκες. Τα γονίδια αυτά είναι υπεύθυνα για την παραγωγή, αλλά και τη δράση και αποτελεσματικότητα της ινσουλίνης.