Η σκέψη για επεμβατική αντιμετώπιση και θεραπεία του συνδρόμου πολυκυστικών ωοθηκών είναι πολύ παλιά. Σήμερα, ως κύρια επεμβατική μέθοδος αντιμετώπισης του συνδρόμου, είναι ο τρυπανισμός των ωοθηκών. Αυτή η τεχνική είναι ελάχιστα επεμβατική. Ανοίγονται πολλαπλές “τρύπες” στην επιφάνεια της ωοθήκης είτε με ηλεκτρισμό είτε με διαθερμία είτε με laser.

Έτσι, ανοίγονται στην ωοθήκη περίπου 5-15 τρυπήματα, βάθους 2-4 χιλιοστών. Με ένα μηχανισμό ο οποίος δεν είναι ακόμη εντελώς ξεκάθαρος, φαίνεται ότι ο τρυπανισμός οδηγεί σε αποκατάσταση των ορμονικών ανωμαλιών που χαρακτηρίζουν το σύνδρομο.

Τα ευεργετικά ενδοκρινολογικά αποτελέσματα μετά την ηλεκτροκαυτηρίαση των ωοθηκών είναι βραχυχρόνια και κρατάνε μέχρι 72 μήνες μετά την επέμβαση.

Ακόμη και σε περιπτώσεις προσπαθειών εξωσωματικής γονιμοποίησης, φαίνεται ότι τα ποσοστά επίτευξης εγκυμοσύνης είναι μεγαλύτερα στις γυναίκες με πολυκυστικές ωοθήκες που έχουν λάβει προηγουμένως θεραπεία με τρυπανισμό (drilling).

Άλλες μελέτες αναφέρουν ακόμη πιο εντυπωσιακά ποσοστά και μακροχρόνια σε διάρκεια αποτελέσματα, όπως αποκατάσταση του κύκλου σε ποσοστό μέχρι και 80%, διατήρηση των αποτελεσμάτων για αρκετές δεκαετίες και σημαντικά ποσοστά εγκυμοσύνης μέχρι και 70%.

Με την κατάλληλη τεχνική εμπειρία μπορούν να αποφευχθούν επιπλοκές που  σχετίζονται με τη χειρουργική φύση της, όπως για παράδειγμα αιμορραγία, φλεγμονή, συμφύσεις, ωοθηκική ανεπάρκεια.

Η μέθοδος ενδείκνυται ως 2η επιλογή μας στις ανθεκτικές περιπτώσεις που δεν ανταποκρίνονται στη φαρμακευτική αποκατάσταση του κύκλου και της γονιμότητας και τα αποτελέσματά της είναι συγκρίσιμα με αυτά ακόμα και των πιο πετυχημένων φαρμακευτικών μεθόδων.