Στις περιπτώσεις όπου τα αυξημένα ανδρογόνα είναι αιτία, για την εμφάνιση του συνδρόμου των πολυκυστικών ωοθηκών, χρειάζεται μία πιο στοχευμένη φαρμακευτική θεραπεία.

Ένα αξιόπιστο και αποτελεσματικό θεραπευτικό μέσο είναι οι φαρμακευτικές ουσίες που μάχονται τα ανδρογόνα (τις ανδρικές ορμόνες).

Οι αντιανδρογόνες αυτές ουσίες είτε χορηγούμενες από μόνες τους είτε χορηγούμενες σε συνδυασμό με αντισυλληπτικά χάπια, μπλοκάρουν τα ανδρογόνα και είναι αποτελεσματικά ιδίως για προβληματα ακμής ή αυξημένης τριχοφυιας.

Η χρήση των αντιανδρογόνων φαρμάκων, χρειάζεται χειρισμό, καθοδήγηση και παρακολούθηση από εξειδικευμένο σε θέματα γυναικολογικής ενδοκρινολογίας γιατρό, καθώς μπορεί να εμφανιστούν ανεπιθύμητες ενέργειες έως και σοβαρά προβλήματα.

Για την θεραπεία της ακμής μπορεί να χρησιμοποιηθούν και τοπικά σκευάσματα, τα οποία ανήκουν κυρίως στην οικογένεια των ρετινοειδών ουσιών. Η τοπική θεραπεία η οποία είναι ιδιαίτερα αποτελεσματική σε μη φλεγμαίνουσα ακμή χρειάζεται καλή παρακολούθηση καθώς μπορεί να προκαλέσει ερεθιστική δερματίτιδα (η οποία συνήθως αντιμετωπίζεται εύκολα) ή δυσλειτουργία του ήπατος και τέλος τερατογένεση σε περίπτωση εγκυμοσύνης ενώ η γυναίκα βρίσκεται υπό θεραπεία.

Σε περιπτώσεις ανθεκτικής ακμής, τότε επιπρόσθετα χρησιμοποιούμε αντιβιοτικά και στις περιπτώσεις αυτές, πρέπει η παρακολούθηση να είναι ακριβής, καθώς υπάρχουν σπάνιες παρενεργειών.